Les Assises se déroulent en plusieurs étapes et à plusieurs niveaux : Consultations internet, consultations départementales, régionales, et, au niveau national trois groupes de travail ont été constitués autour des thèmes suivants : " développer les activités économiques et valoriser les atouts des territoires", "faciliter la vie quotidienne des populations" et "organiser et animer les territoires". Ces trois groupes de travail nationaux - composés de parlementaires, des associations d'élus, de forces socio-économiques représentant les employeurs et les salariés, des associations représentatives, d'experts et de représentants des ministères - se réunissent d'octobre à décembre 2009.